Основу собственных коллекций музея составляют частные собрания, передаваемые ему в дар. Уже на нынешнем этапе согласована передача в будущий музей коллекции среднеазиатских шелков (около 100 единиц хранения) и керамики (свыше 70 единиц хранения), этнографической коллекции, связанной с культурой мусульман Вьетнама, фотоколлекций Т. М. Федоровой общим составом свыше 50 тыс. единиц хранения (Поволжье, Узбекистан, Казахстан, Йемен, Оман, Иордания, ОАЭ, Эфиопия, Нигерия, Индия, Цейлон, Мальдивские о-ва, Индонезия), коллекции одежды ведущих узбекских дизайнеров, основанной на центральноазиатских культурных традициях (свыше 20 единиц хранения), ряд других предметов отдельных собраний (ювелирика мусульман Ладакха и арабов Узбекистана, ковры, редкие издания Корана). Петербургский музей истории фотографии заявил о готовности передать нам свою коллекцию фотоотпечатков конца XIX — начала XX в., связанную с миром ислама.

В рамках взаимодействия с «Музеем без границ» («Museum With No Frontiers», MWNF), самым большим онлайн-музеем в мире открытом в 2005 г. мы приступили к представлению наших коллекций, используя для этого, в том числе, и новейшие информационные технологии.